转录组学研究检测

因业务调整，部分个人测试暂不接受委托，望见谅。

检测项目

总RNA提取与质控：评估RNA纯度（OD260/280≥1.8，OD260/230≥2.0）、完整性（RIN值≥7.0，DV200≥50%）及浓度（检出限0.1ng/μL）。

mRNA文库构建：检测文库片段大小分布（主峰200-500bp）、接头连接效率（>80%）及文库浓度（≥2nM）。

高通量测序：采用Illumina平台进行双端测序（PE150），单样本数据量≥6Gb，Q30≥85%，错误率<0.1%。

原始数据质控：FastQC评估Reads质量值分布、GC含量异常检测及接头污染率（<5%）。

参考基因组比对：采用HISAT2/STAR进行序列定位，比对率≥70%，唯一比对率≥60%。

基因表达定量：基于featureCounts计算FPKM/TPM值，检测灵敏度0.01FPKM。

差异表达分析：DESeq2/edgeR筛选差异基因（|log2FC|≥1且FDR<0.05）。

可变剪接分析：rMATS检测外显子跳跃、内含子保留等事件（FDR<0.05，IncLevelDifference≥0.1）。

融合基因检测：STAR-Fusion识别染色体易位事件（支持reads≥5）。

功能富集分析：GO/KEGG通路注释（超几何检验FDR<0.05）。

SNP/InDel检测：GATK流程识别变异位点（测序深度≥30X，变异质量值QUAL≥50）。

lncRNA鉴定：CPC2/phastCons预测新非编码RNA（长度>200nt，ORF<100aa）。

检测范围

动物组织样本：哺乳动物器官、胚胎组织及肿瘤样本（最小起始量10mg组织）。

植物材料：农作物叶片、根茎及胁迫处理样本（需特殊多糖多酚去除方案）。

细胞培养物：原代细胞、细胞系及类器官培养系统（细胞数≥1×10⁶）。

血液成分：全血、PBMC及血浆游离RNA（游离RNA富集方案）。

微生物群落：环境宏转录组样本（16S rRNA去除率>99%）。

医学病理样本：福尔马林固定石蜡包埋组织（FFPE，片段化处理）。

单细胞悬液：适用于10x Genomics平台的单细胞转录组分析（细胞活性>85%）。

病原体感染模型：宿主-病原体互作转录组研究（病原特异性探针富集）。

发育时序样本：胚胎不同发育阶段动态表达谱分析（时间分辨率达小时级）。

药物处理组：药效评价及毒性机制研究（设置梯度浓度与时间点）。

转基因生物：基因编辑效率验证及脱靶效应评估（sgRNA特异性分析）。

古生物样本：降解RNA的特殊建库方案（需uracil-DNA糖基化酶处理）。

检测标准

ISO 20395:2019 生物技术-核酸测序方法学验证要求

GB/T 34797-2017 高通量基因测序数据质量评价指南

EN ISO 18115-2:2021 生物样本库RNA质量规范

CLSI MM19-A2 临床高通量测序验证标准

GB/T 37872-2019 转录组测序数据分析流程规范

ISO/IEC 17025:2017 检测实验室通用能力要求

MIQE指南：实时荧光定量PCR实验规范（Clin Chem 55:4,2009）

RNA测序质量控制联盟标准（Nat Biotechnol 32:903,2014）

GB/T 30988-2014 多酚多糖植物材料RNA提取方法

FASTQ格式规范：Illumina标准1.8+（Phred+33编码）

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000高通量测序系统：通量达20B reads/run，支持PE150测序模式，用于全转录组深度覆盖。

Agilent 4200 TapeStation系统：配备高灵敏度RNA ScreenTape，精确测定RIN值（分辨率0.1）及片段分布。

Qubit 4.0荧光计：采用高特异性RNA HS检测试剂，浓度测量精度±5%（范围0.05-100ng/μL）。

Covaris M220聚焦超声仪：参数化控制片段化（峰值功率50W，占空比10%，循环数200），确保c文库片段均一性。

Bio-Rad CFX96 Touch qPCR系统：执行文库定量（KAPA SYBR® Fast试剂盒，R²>0.99）及质控检测。

Nanopore PromethION平台：支持直接RNA测序，读长>10kb，用于全长转录本分析。

Beckman Coulter Biomek i7自动化工作站：实现96孔板并行RNA提取，通量800样本/日，CV<8%。

ABI QuantStudio 12K Flex系统：执行基因表达验证（TaqMan探针法，动态范围10⁷）。

PerkinElmer Chemagic 360系统：磁珠法核酸自动纯化（回收率>85%，处理量192样本/批次）。

Eppendorf Mastercycler X50 PCR仪：配备热盖梯度功能，确保cDNA合成温度精度±0.1℃。

检测流程

1、咨询：提品资料(说明书、规格书等)

2、确认检测用途及项目要求

3、填写检测申请表(含公司信息及产品必要信息)

4、按要求寄送样品(部分可上门取样/检测)

5、收到样品，安排费用后进行样品检测

6、检测出相关数据，编写报告草件，确认信息是否无误

7、确认完毕后出具报告正式件

8、寄送报告原件