寡核苷酸序列验证实验

检测项目

序列长度确认：验证合成寡核苷酸的实际长度是否与设计长度一致，是基础的质量控制指标。

碱基序列测定：直接测定寡核苷酸的核苷酸排列顺序，确认其与目标序列完全匹配。

纯度分析：检测目标全长产物占总产物的比例，评估是否存在截短或缺失序列等杂质。

5‘端修饰验证：确认如磷酸化、生物素、荧光基团等5‘端化学修饰是否成功连接。

3‘端修饰验证：确认如氨基、地高辛、阻断基团等3‘端化学修饰是否准确引入。

内部修饰碱基验证：检测如锁核酸、硫代磷酸酯、甲基化胞嘧啶等特殊内部修饰的存在与位置。

分子量测定：通过高精度质谱测定寡核苷酸的实际分子量，与理论值比对以验证序列和修饰。

紫外吸收特性：通过A260/A280等比值评估样品纯度，并计算寡核苷酸的摩尔浓度。

二级结构分析：评估寡核苷酸是否存在自身互补形成发夹或二聚体等结构，影响其功能。

功能活性验证：通过杂交、引物延伸或酶切等实验，间接验证其序列的正确性与功能性。

检测范围

合成DNA寡核苷酸：适用于所有化学合成的单链DNA片段，如PCR引物、测序引物、探针等。

合成RNA寡核苷酸：适用于化学合成的单链RNA片段，如siRNA、反义RNA、向导RNA等。

修饰寡核苷酸：广泛适用于带有各类化学修饰（荧光、淬灭、连接子等）的DNA/RNA序列。

长链寡核苷酸：适用于通过合成后拼接等技术制备的较长单链DNA片段（通常超过100nt）。

基因片段与gBlocks：适用于合成的双链DNA基因片段，需验证其两端及内部关键区域的序列。

适配体与核酸适体：适用于具有特定空间结构和结合功能的筛选或设计序列。

引物对与探针组：适用于需要成对或成套使用的寡核苷酸，验证其相互匹配性和特异性。

测序文库接头与标签：适用于高通量测序中使用的带有索引序列的接头和标签寡核苷酸。

CRISPR相关核酸组件：适用于CRISPR基因编辑技术中的向导RNA（sgRNA）及其它相关DNA模板。

治疗性寡核苷酸：适用于作为药物开发的反义寡核苷酸、小干扰RNA等，要求极高的序列准确性。

检测方法

Sanger测序法：金标准方法，通过链终止法直接读取寡核苷酸的碱基序列，准确度高。

质谱法（MALDI-TOF或ESI-MS）：通过精确测定分子量来推断序列正确性，尤其擅长检测修饰和点突变。

毛细管电泳法（CE）：基于片段大小和电荷进行分离，用于分析长度和纯度，可定量杂质比例。

高效液相色谱法（HPLC）：利用反相或离子交换色谱分离不同产物，用于纯度分析和部分修饰检测。

变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）：传统方法，通过高分辨率凝胶电泳区分全长产物与截短产物。

紫外分光光度法：快速测定浓度和初步评估纯度，是样品接收时的常规初检方法。

杂交分析法：将待测寡核苷酸与互补序列杂交，通过熔解曲线或信号强度间接验证序列。

下一代测序（NGS）：适用于高通量、大批量寡核苷酸库的并行序列验证，如寡核苷酸池。

酶切分析法：利用限制性内切酶或特异性核酸酶处理，通过切割模式判断特定序列或修饰的存在。

功能测试法：将寡核苷酸应用于其设计用途（如PCR、杂交），通过性能表现间接验证其有效性。

检测仪器设备

Sanger测序仪：如Applied Biosystems系列，用于执行经典的链终止法测序以读取碱基序列。

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪（MALDI-TOF MS）：快速、准确地测定寡核苷酸的分子量。

电喷雾电离质谱仪（ESI-MS）：提供高精度的分子量信息，尤其适合分析带有多电荷的大分子核酸。

毛细管电泳仪：如安捷伦Bioanalyzer或Fragment Analyzer系统，自动化进行片段分析和纯度评估。

高效液相色谱仪（HPLC）：配备紫外或荧光检测器，用于寡核苷酸的纯度分析和制备型纯化。

紫外-可见分光光度计/微量分光光度计：如NanoDrop，用于快速测量样品浓度和吸光度比值。

实时荧光定量PCR仪：用于执行基于杂交或熔解曲线分析的序列验证和功能测试实验。

下一代测序平台

凝胶成像系统：用于对PAGE或琼脂糖凝胶电泳后的核酸条带进行拍照和定量分析。

恒温金属浴/ PCR仪

检测流程

1、咨询：提品资料(说明书、规格书等)

2、确认检测用途及项目要求

3、填写检测申请表(含公司信息及产品必要信息)

4、按要求寄送样品(部分可上门取样/检测)

5、收到样品，安排费用后进行样品检测

6、检测出相关数据，编写报告草件，确认信息是否无误

7、确认完毕后出具报告正式件

8、寄送报告原件