修饰位点占有率定量分析:精确测定肽段特定氨基酸残基上发生修饰的分子比例,是评估修饰稳定性的基础。
修饰肽段在溶液中的半衰期测定:在模拟生理或储存条件下,监测修饰肽段浓度或修饰率下降至一半所需的时间。
化学降解产物鉴定:识别并鉴定因修饰不稳定而产生的各种降解产物,如脱酰胺、氧化、水解片段等。
物理稳定性评估:考察修饰对肽段溶解度、聚集倾向以及二级/三级结构的影响。
酶解稳定性分析:评估修饰对肽段抵抗蛋白酶(如胰蛋白酶)水解能力的影响。
氧化稳定性测试:特别针对易氧化修饰(如甲硫氨酸),在氧化应激条件下监测修饰的完整性。
光稳定性分析:考察光照条件下,修饰基团(如某些荧光标记)是否会发生光解或异构化。
热稳定性分析:通过升温加速实验,研究温度对修饰化学键稳定性的影响。
pH稳定性分析:在不同pH缓冲液中孵育,评估修饰在酸性或碱性条件下的耐受性。
长期储存稳定性研究:在设定的储存条件(温度、湿度)下进行长期监测,获取真实的稳定性数据。
翻译后修饰(PTMs):包括磷酸化、糖基化、乙酰化、甲基化、泛素化等天然PTM的稳定性研究。
合成后修饰:涵盖荧光标记(如FITC、Cy系列)、生物素化、地高辛标记等用于检测的修饰基团。
定点偶联修饰:如通过半胱氨酸或赖氨酸进行的PEG化、蛋白质-药物偶联物(ADC)中的连接子-毒素修饰。
非天然氨基酸引入:评估通过生物工程引入的光交联氨基酸、荧光氨基酸等的稳定性。
环化修饰肽段:研究首尾环化或侧链环化形成的肽段中,环化键(如二硫键、酰胺键)的稳定性。
同位素标记:评估用于定量蛋白质组学的稳定同位素标记(如SILAC, TMT)在实验过程中的稳定性。
脂质化修饰:如豆蔻酰化、棕榈酰化等疏水修饰在膜环境中的稳定性分析。
多肽-载体蛋白偶联物:常用于疫苗研发,评估连接键在免疫递送过程中的稳定性。
金属离子配位修饰:研究肽段与金属离子(如锌、铜)通过组氨酸等残基形成的配位键的稳定性。
前药激活型修饰:针对设计在特定条件下(如酶切、pH变化)断裂的修饰,评估其“开关”稳定性。
液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS):核心方法,用于精确鉴定修饰位点、定量占有率及鉴定降解产物。
高分辨质谱(HRMS):提供精确分子量,用于确认修饰组成和发现未知降解物。
串联质谱(MSn):通过多级碎片分析,详细解析修饰结构及其碎裂规律。
反相高效液相色谱(RP-HPLC):基于疏水性分离,监测修饰肽段主峰的变化及降解峰的出现。
离子交换色谱(IEC):根据电荷差异分离,特别适用于评估电荷改变的修饰(如脱磷酸化)。
毛细管电泳(CE):基于电荷和大小分离,提供高分辨的肽段谱图以监测修饰变化。
圆二色谱(CD):评估修饰对肽段二级结构(如α-螺旋、β-折叠)稳定性的影响。
荧光光谱法:针对荧光标记修饰,通过荧光强度、偏振或寿命变化直接监测其稳定性。
核磁共振波谱(NMR):可在原子水平解析修饰结构及其动态变化,提供最详细的结构稳定性信息。
酶联免疫吸附测定(ELISA):使用针对特定修饰表位的抗体,快速、高灵敏度地检测修饰肽段的含量变化。
三重四极杆质谱仪(QQQ-MS):用于高灵敏度、高重复性的靶向定量分析,如MRM监测修饰肽段。
轨道阱高分辨质谱仪(Orbitrap MS):提供超高分辨率和质量精度,是发现和鉴定未知修饰及降解物的首选。
四级杆-飞行时间质谱仪(Q-TOF MS):兼具高分辨和高速扫描能力,适合非靶向稳定性筛查和鉴定。
高效液相色谱仪(HPLC/UHPLC):与质谱联用的核心分离设备,要求高重现性、低扩散以分离复杂样品。
纳升液相色谱系统(nano-LC)
毛细管电泳仪(CE System):提供与LC互补的分离机制,尤其适合分析极性强或电荷变异的修饰肽段。
圆二色谱仪(CD Spectrometer):用于快速评估溶液状态下肽段的二级结构及其在修饰影响下的变化。
荧光光谱仪(Fluorometer)
核磁共振波谱仪(NMR Spectrometer)
酶标仪(Microplate Reader)
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