细菌转录组测序检测

因业务调整，部分个人测试暂不接受委托，望见谅。

检测项目

总RNA提取纯度检测：采用紫外分光光度法测定，要求A260/A280比值1.8-2.0，A260/A230＞2.0，浓度≥20ng/μL

rRNA去除效率验证：通过Agilent 2100 Bioanalyzer检测，残留rRNA比例需＜5%，片段分布峰值200-5000nt

cDNA文库构建质量评估：片段大小选择150-500bp，文库浓度＞2nM，GC含量40-60%

测序数据质量控制：Q30分值≥90%，有效数据量＞5Gb，错误率＜0.1%

基因表达定量分析：采用FPKM标准化算法，检测灵敏度0.01TPM

差异表达基因筛选：|log2FC|≥1且p-adjust＜0.05为显著性阈值

GO功能富集分析：涵盖生物过程、分子功能、细胞组分三大类，p-value＜0.01

KEGG通路显著性分析：筛选关键代谢通路，富集因子＞1.5

sRNA鉴定：识别18-500nt非编码RNA，定量精度±5%

可变剪切事件检测：识别内含子保留、外显子跳跃等类型，置信度≥95%

融合基因筛查：支持跨基因读段≥5条，断点定位精度±10bp

SNP/InDel变异检测：覆盖深度≥30X，变异等位基因频率＞10%

检测范围

临床病原菌耐药机制研究：肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶表达谱分析

环境微生物胁迫响应：重金属污染区域Pseudomonas putida应激基因筛查

工业发酵菌株优化：大肠杆菌重组蛋白表达通量提升的转录调控研究

益生菌功能基因组学：Lactobacillus acidophilus肠道定植相关基因鉴定

海洋极端微生物适应机制：深海热液口Archaea耐热基因网络构建

植物病原互作研究：Xanthomonas oryzae侵染水稻的毒力因子表达动态

生物膜形成机制解析：铜绿假单胞菌群体感应相关sRNA筛选

抗生素合成途径研究：Streptomyces coelicolor次级代谢产物合成簇表达验证

废水处理微生物群落：活性污泥系统中Nitrosomonas europaea氨氧化通路活性评估

食品发酵监控：发酵乳制品中Leuconostoc mesenteroides风味物质合成基因表达量检测

病原体宿主适应研究：结核分枝杆菌巨噬细胞内潜伏期转录重编程分析

合成生物学元件验证：工程菌株启动子强度定量评估

检测标准

ISO 20395:2019 生物技术-核酸测序方法学验证要求

GB/T 37872-2019 高通量测序数据质量控制

ISO/IEC 17025:2017 检测实验室通用技术要求

ASTM E3132-18 转录组测序实验设计规范

GB/T 34796-2017 核酸样本保存与处理规范

EN ISO 22118:2011 分子生物学检测方法验证指南

GB/T 35823-2018 测序文库构建质量控制

ISO 20166-3:2018 分子体外诊断-福尔马林固定石蜡包埋组织RNA检测

YY/T 1596-2017 高通量基因测序数据准确性评价方法

ISO 20391-2:2019 细胞计数方法学验证规范

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000测序系统：双流通池设计，通量10B-20B reads/run，完成全转录组双端150bp测序

Agilent 4200 TapeStation系统：通过ScreenTape芯片实现RNA完整性值(RIN)检测，分辨率1-10000nt

Thermo Fisher Qubit 4.0荧光计：采用dsDNA HS检测模块，RNA定量范围0.1-100ng/μL，精度±5%

Covaris M220超声破碎仪：聚焦超声技术实现RNA片段化，片段大小偏差±15bp

Bio-Rad CFX96实时PCR仪：采用SYBR Green法进行文库定量，动态范围10^2-10^9 copies/μL

Beckman Coulter Biomek i7自动化工作站：完成96样本并行建库，移液精度0.1μL

Nanopore GridION测序仪：通过R9.4.1芯片实现直接RNA测序，读长＞10kb

Eppendorf 5430 R离心机：配备FA-45-30-11转子，最大离心力30,000×g确保RNA沉淀效率

检测流程

1、咨询：提品资料(说明书、规格书等)

2、确认检测用途及项目要求

3、填写检测申请表(含公司信息及产品必要信息)

4、按要求寄送样品(部分可上门取样/检测)

5、收到样品，安排费用后进行样品检测

6、检测出相关数据，编写报告草件，确认信息是否无误

7、确认完毕后出具报告正式件

8、寄送报告原件