古DNA高通量测序仪重建

检测项目

古人类全基因组测序：对古代人类遗骸中的DNA进行全基因组范围的测序，用于研究人类迁徙、演化与群体历史。

线粒体基因组重建：针对拷贝数高的线粒体DNA进行富集与测序，用于母系谱系分析和个体亲缘关系鉴定。

Y染色体测序分析：特异性捕获并测序Y染色体片段，用于研究父系遗传历史与群体结构。

病原体古DNA筛查：从宿主样本中识别并重建古代细菌、病毒或寄生虫的基因组，追溯疾病演化史。

表观遗传标记检测：分析古代DNA中残留的甲基化等表观遗传信号，推断基因表达调控的历史状态。

功能基因位点分型：对与外貌、适应性、乳糖耐受等性状相关的特定基因位点进行基因型判定。

微生物组（宏基因组）分析：对样本中所有微生物的DNA进行非特异性测序，重建古代口腔、肠道等微生物群落。

动植物驯化基因研究：针对农作物或家养动物的古代样本，研究与驯化过程相关的关键基因变异。

种属鉴定：通过DNA条形码或特定基因序列，精确鉴定骨骼或残留物所属的生物物种。

污染监控与评估：设计特异性检测项目，量化并区分现代人DNA污染与真实古DNA信号。

检测范围

更新世晚期大型动物：如猛犸象、披毛犀等已灭绝冰期动物的骨骼、牙齿化石。

全新世考古人类遗骸：涵盖从旧石器时代晚期到历史时期墓葬出土的人类骨骼与牙齿。

沉积物古DNA：从洞穴、湖芯等地质考古沉积物中提取的多物种混合DNA。

古代植物遗存：包括炭化种子、果实、木材以及沉积物中的植物微体化石。

博物馆珍藏标本：博物馆保存的古代生物标本、皮毛、羽毛及干制或浸泡标本。

历史时期文献载体：如羊皮纸、古代书籍等，可能残留有制作动物或处理者的DNA。

考古残留物：陶器附着物、石器握持处残留的微量DNA，用于分析用途。

永久冻土样本：西伯利亚等地区永久冻土层中保存的近乎完好的生物组织。

洞穴堆积物：富含古代生物排泄物、毛发、脱落细胞的非矿物堆积物。

古病理样本：如结核病灶、牙结石、头发等可能富含病原体或宿主信息的特殊组织。

检测方法

超净室物理去污：在专门设计的超净实验室内，对样本表面进行机械打磨与化学清洗，去除外源污染。

骨粉或牙粉制备：使用钻头将骨骼或牙齿内部致密部分研磨成细粉，以获取内部未受污染的生物材料。

硅基法DNA提取：利用硅胶膜在高离序盐条件下特异性吸附DNA的原理，纯化微量且降解严重的古DNA。

液相杂交捕获技术：设计RNA或DNA探针，与目标基因组区域杂交并进行富集，有效提高目标序列覆盖率。

鸟枪法全基因组测序：对提取的总DNA进行非选择性、随机打断的文库构建与测序，获取全基因组信息。

单链DNA文库构建：针对高度降解、多为短单链的古DNA，采用单链建库方法，极大提高分子转化效率。

尿嘧啶-DNA糖基化酶处理：利用UDG酶部分或完全切除古DNA中常见的胞嘧啶脱氨基损伤，减少测序错误。

分子索引标记：在文库构建时为每个原始DNA分子添加唯一分子标识符，用于后续去重和评估损伤。

生物信息学污染过滤：通过序列比对、线粒体单倍型分析、损伤模式验证等计算手段，生物信息学剔除污染序列。

群体遗传学统计分析：应用主成分分析、系统发育树构建、混合模型等统计方法，解读古代群体关系。

检测仪器设备

超净实验室系统：配备高效空气过滤系统、正压环境、紫外线消毒和定期清洁的专用实验室，防止现代DNA污染。

研磨机与钻头：用于将骨骼、牙齿等硬组织研磨成均匀细粉，以便后续DNA释放，通常配备一次性钻头。

高性能离心机：用于DNA提取过程中的多步骤离心，分离固液相，收集微量核酸。

磁力架与磁珠纯化系统：利用表面修饰的磁珠特异性结合DNA，通过磁场进行快速清洗和洗脱，实现自动化纯化。

超声波破碎仪：用于可控地将长链DNA或现代污染DNA打断，或处理某些特殊样本。

实时定量PCR仪：用于定量评估古DNA提取物和文库中的DNA含量，以及检测污染水平。

自动化液体处理工作站：执行高通量、标准化的加样、移液和文库构建步骤，减少人为误差与污染。

Illumina NovaSeq / HiSeq系列：当前古DNA研究主流的测序平台，通过边合成边测序技术产生海量短读长数据。

高通量计算集群：配备大内存和多核心CPU的服务器集群，用于处理和分析海量的原始测序数据。

生物信息学分析软件套件：包括BWA、Samtools、GATK、MAPDamage、ANGSD等，用于序列比对、变异检测和损伤分析。

检测流程

1、咨询：提品资料(说明书、规格书等)

2、确认检测用途及项目要求

3、填写检测申请表(含公司信息及产品必要信息)

4、按要求寄送样品(部分可上门取样/检测)

5、收到样品，安排费用后进行样品检测

6、检测出相关数据，编写报告草件，确认信息是否无误

7、确认完毕后出具报告正式件

8、寄送报告原件