RNA干扰效率分析

检测项目

mRNA水平敲减效率：通过定量检测靶基因mRNA的相对表达量变化，直接评估RNAi对转录水平的沉默效果。

蛋白质水平敲减效率：检测靶基因编码的蛋白质表达量变化，从功能层面确认RNAi的最终效应。

细胞活力与增殖影响：评估RNAi处理本身或基因沉默后对细胞生长、存活率的影响，排除非特异性毒性。

脱靶效应筛查：系统分析RNAi是否影响了非预期靶基因的表达，是评估干扰特异性的关键项目。

siRNA/shRNA稳定性：检测细胞内siRNA或shRNA的丰度与半衰期，分析其持久性与效率关系。

干扰动力学分析：在不同时间点监测基因沉默效果，绘制敲减效率的时间曲线，确定最佳检测窗口。

最小有效剂量确定：通过梯度实验，找到能产生显著沉默效果的最低siRNA/shRNA或载体用量。

脱靶信号通路激活：检查是否意外激活了如免疫应答（如IFN反应）等不相关的细胞信号通路。

细胞表型关联验证：将分子水平的敲减效率与预期的细胞功能表型（如迁移、凋亡）变化进行关联分析。

对照实验有效性：验证阴性对照、阳性对照及转染对照的实验结果是否符合预期，确保整个实验体系可靠。

检测范围

培养细胞系：涵盖各种贴壁、悬浮及原代培养的哺乳动物细胞，是RNAi效率分析最常用的体系。

动物组织样本：适用于活体RNAi实验后，从小鼠、大鼠等模型动物中采集的特定器官或组织样本。

植物组织样本：用于农业或植物生物学研究中，评估病毒诱导或稳定转化的基因沉默效果。

昆虫细胞与个体：应用于昆虫基因功能研究或病虫害防治领域的RNAi效率评估。

线虫与斑马鱼：在模式生物整体水平上，检测通过喂食或注射等方式进行RNAi后的全身性或组织特异性沉默。

临床样本：在某些研究或治疗探索中，对来自患者的细胞或组织切片进行RNAi效果分析。

病毒载体感染细胞：专门评估基于慢病毒、腺病毒等载体递送的shRNA的长期沉默效率。

亚细胞结构组分：分离细胞核、线粒体等细胞器，分析RNAi在特定亚细胞区域的局部效果。

不同发育阶段样本：针对胚胎发育等研究，分析特定发育时期生物体的RNA干扰敏感性及效率。

高通量筛选库：在基因组尺度上，对包含数百至数千个shRNA/siRNA的文库进行批量效率验证。

检测方法

实时定量PCR (qRT-PCR)：通过荧光探针或染料定量靶基因mRNA，是评估mRNA敲减效率的金标准方法。

Western Blot 分析：利用特异性抗体检测目标蛋白的表达量变化，直观反映蛋白质水平的沉默效果。

荧光报告基因系统：将靶序列与荧光蛋白基因融合，通过荧光强度变化快速、直观地定量RNAi效率。

Northern Blot 分析：通过核酸杂交直接检测细胞内靶mRNA或siRNA/shRNA的存在与丰度，方法经典但较繁琐。

酶联免疫吸附试验 (ELISA)：对于可分泌或含量丰富的蛋白，采用ELISA定量其浓度变化以评估沉默效率。

免疫荧光/组织化学染色：在细胞或组织原位可视化蛋白质的表达水平与定位变化，提供空间信息。

流式细胞术：对于细胞表面或胞内抗原，可对大量细胞进行快速、定量的蛋白表达分析，并分选不同效率的细胞群。

高通量测序 (RNA-seq)：全转录组测序不仅能精确量化靶基因表达变化，还能全面筛查脱靶效应。

微阵列基因芯片：通过杂交同时检测成千上万个基因的表达谱，用于效率验证和脱靶分析。

数字PCR (dPCR)：提供绝对定量，不依赖标准曲线，尤其适用于低丰度mRNA的敲减效率精确分析。

检测仪器设备

实时荧光定量PCR仪：进行qRT-PCR实验的核心设备，用于精确测量mRNA表达量的循环阈值(Ct值)。

蛋白电泳与转印系统：包括电泳槽、电源和湿转/半干转印仪，为Western Blot提供蛋白分离与转移平台。

化学发光成像系统：用于捕获Western Blot、Northern Blot等实验中化学发光或荧光信号，并进行定量分析。

荧光显微镜：观察基于荧光报告基因的沉默效果或进行免疫荧光染色样本的成像与分析。

流式细胞仪：对经过荧光标记的细胞进行高速、多参数的定量分析，适用于基于荧光的效率检测和分选。

高通量测序仪：如Illumina系列平台，用于执行RNA-seq，从全基因组水平评估干扰效率与特异性。

微阵列扫描仪：专门用于读取基因芯片杂交后的荧光信号，获取全局基因表达数据。

数字PCR仪：将样本分割成数万微滴后进行PCR扩增，实现靶转录本拷贝数的绝对定量。

酶标仪：用于读取ELISA、MTT/CCK-8细胞活力试验等的吸光度或荧光值，进行批量样本检测。

核酸蛋白定量仪：包括分光光度计和荧光计，用于精确测定RNA、DNA及蛋白质样品的浓度与纯度，是前期样本质控的关键设备。

检测流程

1、咨询：提品资料(说明书、规格书等)

2、确认检测用途及项目要求

3、填写检测申请表(含公司信息及产品必要信息)

4、按要求寄送样品(部分可上门取样/检测)

5、收到样品，安排费用后进行样品检测

6、检测出相关数据，编写报告草件，确认信息是否无误

7、确认完毕后出具报告正式件

8、寄送报告原件