肽指纹图谱分析

检测项目

蛋白质鉴定：通过将实验获得的肽段质量指纹与数据库中理论酶切肽段的质量进行比对，实现对未知蛋白质的快速、鉴定。

蛋白质纯度评估：通过分析肽指纹图谱的复杂程度和主要峰的数量，初步判断蛋白质样品的纯度及是否存在杂质蛋白。

翻译后修饰鉴定：通过检测肽段质量的偏移，可以初步推断蛋白质是否存在磷酸化、糖基化、乙酰化等常见的翻译后修饰。

蛋白质复合物组分分析：对免疫共沉淀或亲和纯化得到的蛋白质复合物进行肽指纹图谱分析，以鉴定复合物中的各个成员蛋白。

物种来源鉴别：通过比对不同物种的蛋白质数据库，可以鉴定蛋白质或生物样品的物种来源，应用于法医学或食品安全领域。

重组蛋白验证：对表达的重组蛋白进行鉴定，确认其是否为预期目标蛋白，并检查是否存在截短或错误表达。

细胞或组织蛋白质表达谱分析：通过对二维电泳分离后的多个蛋白质点逐一进行肽指纹图谱分析，构建特定状态下的蛋白质表达谱。

突变蛋白检测：通过发现与理论值不符的肽段质量，可以提示蛋白质可能存在点突变、插入或缺失等变异。

生物标志物筛选：通过比较疾病组与对照组的蛋白质谱图差异，寻找具有显著差异的肽段峰，作为潜在的疾病诊断生物标志物。

酶解效率评估：通过分析肽段序列覆盖率及酶切位点附近的肽段信号，评估蛋白酶解过程的完全性和特异性。

检测范围

二维凝胶电泳分离的蛋白点：这是PMF最经典的应用场景，从胶上挖取蛋白点，经过脱色、酶解后进行分析。

溶液中的纯化蛋白：对通过层析、沉淀等方法纯化得到的溶液状态下的单一蛋白质或简单混合物进行分析。

SDS-PAGE分离的蛋白条带：将电泳胶上的目标条带切下，进行胶内酶解，适用于分子量筛选后的蛋白质鉴定。

免疫沉淀产物：对通过抗体免疫沉淀获得的靶蛋白及其相互作用蛋白复合物进行鉴定。

细胞裂解液粗提物：经过简单分离富集后的复杂蛋白质混合物，通常需要与液相色谱联用以提高鉴定能力。

组织切片提取蛋白：从石蜡包埋或冷冻组织切片中通过激光显微切割获取特定区域的细胞，提取其蛋白质进行分析。

分泌蛋白质组：对细胞培养上清液、血清、血浆等体液中的分泌蛋白或外泌体蛋白进行分析。

古生物或考古样本：应用于极微量、部分降解的古代生物样本中的蛋白质残留物鉴定，用于物种鉴定和进化研究。

食品与农产品中的蛋白质：用于鉴定食品成分、检测过敏原、鉴别肉类掺假或验证转基因产品。

微生物鉴定：通过分析微生物菌体蛋白的肽质量指纹图谱，实现细菌、真菌等微生物的快速种类鉴定。

检测方法

胶内酶解法：将凝胶中的蛋白质点/条带切下，经过还原烷基化、脱水后，加入蛋白酶（如胰蛋白酶）在胶块内进行水解。

溶液酶解法：对于溶液中的蛋白质样品，直接加入蛋白酶进行酶解，过程更为快速简单。

膜上酶解法：将转印至PVDF膜上的蛋白质进行染色、切取，并在膜上进行酶解反应以获取肽段。

胰蛋白酶消化：最常用的方法，胰蛋白酶能特异性切割赖氨酸和精氨酸的C端，产生适合质谱分析的、带正电荷的肽段。

其他蛋白酶消化：根据需要使用 Glu-C（切割谷氨酸）、Lys-C（切割赖氨酸）、Asp-N（切割天冬氨酸）等，以提供互补信息。

基质辅助激光解吸电离法：将酶解后的肽段与基质混合点靶，在激光照射下汽化并离子化，是获取PMF的主要电离方式。

肽质量指纹图谱获取：使用MALDI-TOF质谱仪在反射模式下扫描，获得高精度的肽段质荷比（m/z）列表，即肽指纹图谱。