ADP-核糖基化修饰水平检测:定量检测蛋白质上ADP-核糖基化修饰的总体水平,反映通路全局活性。
聚(ADP-核糖) (PAR)链长度分析:测定由PARP酶催化生成的PAR链的平均长度与复杂性,与酶活性密切相关。
特异性底物蛋白鉴定:识别在特定生理或病理状态下发生ADP-核糖基化修饰的靶蛋白。
修饰位点精确定位:在已鉴定的靶蛋白上,精确鉴定发生ADP-核糖基化修饰的氨基酸残基(如天冬氨酸、谷氨酸、丝氨酸等)。
PARP家族酶活性测定:分别检测不同PARP家族成员(如PARP1, PARP2, PARP3等)的催化活性。
去修饰酶(如PARG, ARH3)活性测定:评估负责水解PAR链或单ADP-核糖基的去修饰酶的活性。
代谢中间产物定量:定量检测细胞内NAD+(ADP-核糖基的供体)、ADP-核糖、游离PAR等关键代谢分子浓度。
ADP-核糖基化修饰类型区分:区分单ADP-核糖基化、聚ADP-核糖基化以及不同链分支结构的修饰类型。
与DNA损伤应答关联分析:检测DNA损伤刺激下,PAR在损伤位点的快速形成与清除动力学。
细胞定位与共定位分析:通过成像技术观察ADP-核糖基化修饰在细胞核、核仁、线粒体等亚细胞结构的分布。
体外重组酶学分析:使用纯化的PARP酶、底物蛋白和NAD+,在体外重建并分析修饰反应。
细胞裂解液分析:从培养的细胞系中提取总蛋白,分析内源性ADP-核糖基化修饰的整体变化。
亚细胞组分分析:分离细胞核、线粒体、细胞质等组分,研究修饰通路的区室化特征。
免疫沉淀复合物分析:通过免疫沉淀富集特定蛋白或其修饰形式,分析与之结合的修饰或互作蛋白。
组织样本分析:从动物或临床组织样本JianCe测ADP-核糖基化通路相关分子的表达与活性。
原代细胞与干细胞分析:在非永生化细胞模型中研究该通路在分化、衰老等过程中的作用。
细菌与病毒感染模型:研究病原体效应蛋白对宿主ADP-核糖基化通路的劫持或调节。
基因编辑细胞系:在PARP或去修饰酶基因敲除/敲入的细胞中,进行功能缺失或获得性研究。
药物处理与抑制剂筛选:评估PARP抑制剂等药物对通路活性的影响,用于药效学评价。
发育与疾病动物模型:在癌症、神经退行性疾病、炎症等动物模型中开展在体通路分析。
免疫印迹法:使用抗PAR、抗单ADP-核糖或抗特定修饰底物的抗体进行半定量检测。
酶联免疫吸附试验:采用ELISA试剂盒高灵敏度定量检测样品中的PAR或特定修饰水平。
点击化学标记法:利用可点击的NAD+类似物(如6-炔丙基-NAD+)进行代谢标记,通过荧光或生物素耦联进行高特异性检测。
质谱蛋白质组学:基于液相色谱-质谱联用技术,大规模鉴定和定量ADP-核糖基化修饰蛋白及位点。
亲和纯化与蛋白质芯片:使用ADP-核糖结合模块(如AF1521, WWE结构域)富集修饰蛋白,或使用芯片进行高通量筛选。
放射性标记法:使用放射性同位素标记的NAD+(如32P-NAD+)进行体外或体内标记,通过放射自显影检测。
荧光偏振/共振能量转移法:用于实时、均相检测PARP酶活性或蛋白质与ADP-核糖的相互作用。
免疫荧光/免疫组化染色:在细胞或组织原位可视化ADP-核糖基化修饰的空间分布。
高效液相色谱法:分离并定量细胞内NAD+、ADP-核糖等小分子代谢物。
毛细管电泳法:高效分离不同长度的PAR链,用于链长分布分析。
蛋白质免疫印迹系统:包括电泳仪、转膜仪和化学发光成像仪,用于常规免疫印迹分析。
酶标仪:用于读取ELISA、荧光偏振、吸光度等检测信号,进行高通量定量分析。
激光共聚焦显微镜:用于高分辨率采集免疫荧光样本图像,进行亚细胞定位和共定位分析。
液相色谱-质谱联用仪:是修饰组学研究的核心设备,用于精确鉴定修饰位点与定量分析。
高效液相色谱仪:配备紫外或荧光检测器,用于分离和定量小分子代谢物。
毛细管电泳仪:配备紫外或激光诱导荧光检测器,用于高分辨率分析PAR链。
实时荧光定量PCR仪:用于检测PARP家族基因及相关通路基因的mRNA表达水平。
微量分光光度计/纳米滴度计:用于快速、微量地测定核酸和蛋白质样品的浓度。
低温高速离心机:用于细胞、亚细胞组分的分离以及样品制备过程中的离心操作。
凝胶成像系统:用于对放射性标记、荧光标记或染色的凝胶进行图像采集和分析。
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