分子量测定:精确测定完整蛋白或酶切后肽段的分子量,是肽图谱鉴定的基础。
肽段序列确认:通过串联质谱(MS/MS)解析肽段的氨基酸序列,与理论序列进行比对。
二硫键定位:确定蛋白质中二硫键的连接位置,分析其正确的空间折叠结构。
翻译后修饰鉴定:鉴定如磷酸化、糖基化、乙酰化等修饰的类型和具体位点。
N/C端序列验证:确认蛋白质N端和C端的氨基酸序列,判断是否存在截短或变异。
肽图覆盖率分析:计算被鉴定肽段所覆盖的蛋白序列百分比,评估解析的完整性。
氨基酸取代与突变检测:发现序列中非预期的氨基酸替换、插入或缺失。
氧化与脱酰胺分析:定量分析蛋氨酸氧化、天冬酰胺脱酰胺等常见降解修饰。
糖型分析与糖基化位点鉴定:针对糖蛋白,分析其糖链组成、结构及连接的肽段位点。
蛋白纯度与杂质鉴定:通过肽图识别并定量样品中的工艺相关杂质或产品相关变体。
单克隆抗体:包括全长抗体、抗体片段(如Fab、scFv)的全面表征与一致性评价。
重组治疗性蛋白:如细胞因子、激素、酶类等药物的肽图谱分析与质量控制。
生物类似药:与原研药进行头对头的肽图谱比对,以证明其结构相似性。
疫苗抗原:对重组蛋白疫苗、病毒样颗粒疫苗中的关键蛋白成分进行结构解析。
基因治疗载体蛋白衣壳:分析腺相关病毒(AAV)等载体衣壳蛋白的组成与修饰。
细胞与基因治疗产品:对工程化细胞分泌的蛋白或使用的修饰蛋白进行鉴定。
诊断试剂用蛋白:确保用于免疫检测的关键抗原/抗体试剂的结构正确性与批间一致性。
酶制剂:工业用或科研用酶的肽图谱分析,用于活性中心研究与稳定性评估。
食品与保健品中的活性蛋白:如乳清蛋白、胶原蛋白肽等产品的成分鉴定与真伪鉴别。
科研用蛋白样品:为基础研究中表达、纯化的任何目标蛋白提供结构确认服务。
酶切消化法:使用胰蛋白酶、Lys-C等特异性蛋白酶将蛋白质切割成特征肽段混合物。
反相高效液相色谱法:基于肽段疏水性差异进行分离,是肽图谱分析最常用的分离手段。
液相色谱-质谱联用法:将LC的分离能力与MS的高灵敏度、高分辨率检测相结合,是核心方法。
基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法:用于快速测定肽段分子量及肽质量指纹图谱分析。
电喷雾电离质谱法:产生多电荷离子,特别适合与液相色谱联用进行复杂肽段混合物的分析。
串联质谱法:通过碰撞诱导解离等技术产生碎片离子,用于肽段序列解析。
高分辨率质谱法:如Orbitrap、FT-ICR MS,提供精确分子量用于元素组成分析和复杂修饰鉴定。
自上而下质谱法:直接对完整蛋白进行碎裂,获得更全面的序列和修饰信息,无需酶切。
肽图指纹图谱法:将实验获得的肽段质量列表与数据库理论酶切图谱比对,实现快速鉴定。
数据依赖性采集与数据非依赖性采集
DDA/DIA法:两种先进的质谱数据采集策略,用于实现更全面、可重现的肽段鉴定与定量。
高效液相色谱仪:用于肽段混合物的分离,常配备C18等反相色谱柱。
超高效液相色谱仪:使用更小粒径填料和更高压力,提供更快的分离速度和更高的分辨率。
三重四极杆质谱仪:适用于目标肽段的定量分析,具有高灵敏度和特异性。
四极杆-飞行时间质谱仪
Q-TOF MS:结合四极杆的质量过滤/选择能力和TOF的高分辨率质量分析能力,用于精确质量测定和序列分析。
轨道阱高分辨质谱仪
Orbitrap MS
:凭借其超高分辨率和质量精度,是复杂修饰鉴定和深度覆盖肽图分析的首选设备。
基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪
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