寡核苷酸纯度检测

检测项目

全长寡核苷酸含量：指具有完全正确序列的目标产物占总样品质量的百分比，是衡量合成效率的核心指标。

失败序列含量：指在合成过程中因反应不完全而产生的（n-1）、（n-2）等短片段杂质的含量。

脱嘌呤杂质：指在酸性条件下嘌呤碱基（A、G）从糖环上脱落产生的缺陷序列含量。

保护基团残留：检测合成后是否彻底去除碱基、磷酸或糖环上的保护基团，如DMT基团等。

金属离子残留：测定合成及纯化过程中可能引入的钠、钾、镁、铁等金属离子的含量。

有机溶剂残留：检测乙腈、氨水、二氯甲烷等合成与纯化所用溶剂的残留水平。

内毒素含量：对于体外诊断或治疗用途的寡核苷酸，需严格控制细菌内毒素的污染。

紫外吸收特性：通过A260/A280等吸光度比值，初步判断样品纯度及是否存在蛋白等污染。

水分含量：测定样品中的水分百分比，对于保证产品稳定性及准确称量至关重要。

外观与溶解性：检查样品是否为白色或类白色粉末，以及在指定缓冲液中的溶解速度和澄清度。

检测范围

DNA寡核苷酸：适用于由脱氧核糖核苷酸组成的单链DNA片段，如PCR引物、测序引物等。

RNA寡核苷酸：适用于由核糖核苷酸组成的单链RNA片段，如siRNA、反义RNA等。

修饰寡核苷酸：适用于带有硫代磷酸酯、锁核酸（LNA）、2‘-O-甲基等化学修饰的寡核苷酸。

荧光标记寡核苷酸：适用于5‘端、3‘端或内部标记有FAM、CY3、CY5等荧光基团的探针。

生物素标记寡核苷酸：适用于用于亲和纯化或检测的、标记有生物素基团的寡核苷酸。

磷酸化寡核苷酸：适用于5‘端或3‘端带有磷酸基团，用于连接或克隆的寡核苷酸。

长链寡核苷酸：适用于长度超过100个碱基的寡核苷酸，其杂质谱更为复杂。

混合碱基寡核苷酸：适用于含有简并碱基（如R、Y、N）的引物或探针库。

亚磷酰胺单体：对合成原料——亚磷酰胺单体的纯度进行检测，从源头控制质量。

粗品与纯化后产品：检测范围覆盖合成后的粗产品以及经过HPLC、PAGE等方法纯化后的终产品。

检测方法

离子对反相高效液相色谱法：利用离子对试剂与寡核苷酸相互作用，在反相柱上实现高分辨率分离，是纯度分析的金标准。

阴离子交换高效液相色谱法：基于寡核苷酸所带负电荷数的差异进行分离，特别适合分析长度不同的失败序列。

毛细管凝胶电泳法：在毛细管内进行凝胶电泳，分离效率极高，所需样品量少，分析速度快。

聚丙烯酰胺凝胶电泳法：传统的分离方法，可直观显示全长产物与失败序列条带，常用于定性或半定量分析。

紫外-可见分光光度法：通过测量特定波长下的吸光度，快速估算样品浓度并初步判断纯度。

质谱分析法：包括MALDI-TOF MS和ESI-MS，用于精确测定寡核苷酸的分子量，确认序列正确性及修饰情况。

核磁共振波谱法：主要用于高级结构研究和确证特定化学修饰的存在与位置，非常规纯度检测方法。

酶切分析法：使用特异性核酸外切酶消化样品，通过消化产物的分析来评估末端完整性或修饰的影响。

电感耦合等离子体质谱法：用于高灵敏度、高精度地检测寡核苷酸样品中痕量金属元素的残留。

气相色谱法/顶空气相色谱法：主要用于检测样品中挥发性有机溶剂的残留量。

检测仪器设备

高效液相色谱仪：配备紫外检测器或二极管阵列检测器，是进行IP-RP-HPLC和AEX-HPLC分析的核心设备。

毛细管电泳仪：专用于毛细管凝胶电泳分析，具有自动化进样和高通量分析能力。

紫外-可见分光光度计：用于快速测量寡核苷酸溶液在220nm至350nm波长范围的吸光度值。

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪：适用于寡核苷酸分子量的精确测定和简单混合物的纯度评估。

电喷雾电离质谱仪：尤其适合与液相色谱联用，用于复杂样品中寡核苷酸的在线分子量确认和杂质分析。

凝胶成像系统

聚丙烯酰胺凝胶电泳装置：包括垂直电泳槽、电源和制胶设备，用于进行传统的PAGE分析。

电感耦合等离子体质谱仪：用于超痕量金属元素分析的尖端设备，灵敏度极高。

气相色谱仪：通常配备顶空进样器和火焰离子化检测器或质谱检测器，用于有机溶剂残留分析。

水分测定仪：如卡尔费休水分滴定仪，用于准确测定固体寡核苷酸粉末中的水分含量。

酶标仪：配备荧光和化学发光检测模块，可用于快速检测荧光标记寡核苷酸的浓度和均一性。

检测流程

1、咨询：提品资料(说明书、规格书等)

2、确认检测用途及项目要求

3、填写检测申请表(含公司信息及产品必要信息)

4、按要求寄送样品(部分可上门取样/检测)

5、收到样品，安排费用后进行样品检测

6、检测出相关数据，编写报告草件，确认信息是否无误

7、确认完毕后出具报告正式件

8、寄送报告原件