基因组DNA残留量测定:通过荧光定量PCR或琼脂糖凝胶电泳分析RNA提取物中残留的基因组DNA含量,评估其对逆转录及qPCR反应的抑制程度。
多糖类物质浓度检测:采用紫外分光光度法或酶标仪比色法测定RNA样品中多糖的污染水平,高浓度多糖会严重影响核酸溶解度和酶促反应效率。
蛋白质污染定量分析:使用BCA法或Bradford法检测共提取物中蛋白质残留量,过量蛋白质会干扰吸光度测量并抑制后续分子操作。
多酚类化合物干扰评估:利用福林酚试剂法或高效液相色谱测定植物样本来源RNA中多酚含量,多酚易氧化并导致核酸降解。
无机盐离子浓度检测:通过电导率仪或离子色谱仪分析RNA溶液中钾、钠、氯等离子浓度,高盐环境会破坏核酸二级结构并影响酶活性。
有机溶剂残留测定:采用气相色谱法检测苯酚、氯仿等提取试剂在RNA中的残留量,残余溶剂可能对细胞实验产生毒性效应。
核糖核酸酶活性检测:使用荧光底物降解实验或凝胶扩散法评估提取过程中RNase的污染情况,确保RNA完整性不受降解威胁。
A260/A280吸光度比值分析:通过紫外分光光度计测量RNA样品在260nm和280nm处的吸光度比值,判断蛋白质或酚类物质的污染程度。
A260/A230吸光度比值测定:分析230nm处吸光度值与260nm的比值,用于识别碳水化合物、盐类或有机溶剂的干扰状况。
RNA完整性数值计算:利用微流控芯片电泳系统获取RNA完整性数值,评估共提取物是否导致RNA降解或片段化。
内源性抑制剂筛查:通过添加外标RNA并进行逆转录效率测试,系统性筛查样本中未知内源性抑制剂的干扰强度。
动物组织样本:包括肝脏、脑组织、肌肉等新鲜或冷冻标本,其高脂质和胶原蛋白含量易在RNA提取过程中形成共沉淀干扰。
植物叶片与根系: 富含多糖、多酚及次生代谢物的植物材料,需特殊缓冲液体系防止色素和鞣酸对RNA纯度的负面影响。
血液与血清样品: 血红蛋白、免疫球蛋白等血源性成分可能吸附核酸或抑制酶反应,需优化裂解条件降低干扰。
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