mrna转录组测序检测

因业务调整，部分个人测试暂不接受委托，望见谅。

检测项目

样品RNA完整性检测：评估RNA降解程度，参数如RIN值≥7.0，使用Agilent 2100系统兼容方法。

RNA浓度和纯度检测：测定吸光度比例，参数260/280 nm比值1.8-2.0，260/230 nm比值≥2.0。

文库大小分布检测：分析片段大小均匀性，参数平均大小300-500 bp，标准差<50 bp。

文库浓度检测：定量构建后文库含量，参数≥10 nM，使用荧光染料结合法。

测序深度检测：确保每个样本覆盖度，参数≥30 million reads per sample，平均深度≥20×。

映射率检测：计算reads映射到参考基因组比例，参数≥85%，使用Bowtie2或STAR比对工具。

基因表达水平检测：量化FPKM或TPM值，参数检测范围0.01-1000，精度±0.1。

差异表达基因检测：识别显著变化基因，参数|log2FC|≥1，调整p值<0.05，包含DESeq2算法。

可变剪接检测：分析剪接变异事件，参数junction reads支持数≥5，覆盖度≥10×。

RNA编辑检测：识别碱基编辑位点，参数编辑频率≥0.05，使用GATK变异调用。

GC含量偏差检测：评估文库GC偏倚，参数GC含量40-60%，偏差值<5%。

接头污染检测：筛查非目标序列污染，参数接头率<0.1%，使用FastQC质量控制。

重复性检测：评估样本间一致性，参数Pearson相关系数≥0.9。

基因融合检测：筛查基因组重排事件，参数融合reads支持数≥3。

新转录本检测：识别未知转录本，参数覆盖连续性≥80%，使用StringTie组装。

检测范围

肿瘤研究：分析癌症样本的基因表达特征，用于标志物发现和治疗靶点筛选。

神经科学：研究脑组织转录组变化，应用于阿尔茨海默病和帕金森病机制探索。

传染病响应：监测宿主对病毒或细菌感染的基因表达动态，如COVID-19宿主响应分析。

农业育种：评估作物在干旱或病虫害胁迫下的转录响应，优化抗逆性状。

药物开发：筛选药物对细胞转录组的影响，支持毒理学和药效学评估。

发育生物学：追踪胚胎或器官发育阶段的基因调控网络，解析形态发生机制。

干细胞研究：监测干细胞分化过程中的表达谱变化，用于再生医学应用。

环境毒理学：分析污染物暴露对生物转录组的扰动，评估生态风险。

个性化医疗：开发患者特异性基因表达图谱，指导定制化治疗方案。

食品安全：检测食品中病原体或过敏原的RNA表达，确保产品安全合规。

免疫学研究：探索免疫细胞激活状态的转录特征，用于疫苗开发。

植物生理学：研究光合作用或胁迫响应的基因表达模式，提升作物产量。

微生物组分析：评估微生物群落功能性转录活动，解析共生机制。

衰老研究：分析年龄相关基因表达变化，探索抗衰老干预策略。

罕见病诊断：识别遗传疾病中的异常表达基因，辅助临床诊断。

检测标准

依据ISO 20395:2018生物技术标准，规范下一代测序数据质量参数和评估方法。

遵循GB/T 30988-2014高通量基因测序数据质量规范，确保数据准确性和可比性。

采用ASTM E2655-14核酸序列质量评估标准指南，指导测序错误率控制。

参照ISO/IEC 17025:2017测试和校准实验室能力要求，保证检测过程标准化。

应用ENCODE项目指南，设定功能基因组学数据质量控制参数。

依据GB/T 1.1-2020标准化工作导则，制定检测报告格式和内容规范。

采用MIAME标准，规范基因表达数据元数据和存储要求。

参照ISO 9001:2015质量管理体系，实施全面质量控制流程。

依据FAIR数据原则，确保检测数据可寻、可访问、互操作和可重用。

采用NIH数据共享政策，规范转录组数据的公开和伦理合规。

检测仪器

高通量DNA测序仪：执行大规模并行测序，功能为生成RNA文库的reads数据，支持双端测序模式。

生物分析仪：评估样品RNA完整性和文库大小分布，功能包括RIN值计算和片段分析。

荧光定量仪：精确测量RNA浓度和文库产量，功能为荧光染料结合定量，精度±5%。

热循环仪：执行逆转录和PCR扩增步骤，功能包括cDNA合成和文库扩增，温度控制精度±0.1°C。

自动化液体处理系统：高效处理样品制备流程，功能实现移液和混合标准化，减少人为误差。

凝胶电泳系统：可视化检测RNA和文库片段大小，功能用于初步质量筛查。

实时定量PCR仪：验证特定基因表达水平，功能提供高灵敏度检测，Ct值重复性±0.5。

离心机：分离和纯化核酸样品，功能实施高速离心操作，rpm范围500-15000。

恒温水浴槽：维持反应温度稳定性，功能确保酶反应效率，温度波动±0.5°C。

数据存储服务器：处理和分析大规模测序数据，功能支持并行计算和云存储集成。

检测流程

1、咨询：提品资料(说明书、规格书等)

2、确认检测用途及项目要求

3、填写检测申请表(含公司信息及产品必要信息)

4、按要求寄送样品(部分可上门取样/检测)

5、收到样品，安排费用后进行样品检测

6、检测出相关数据，编写报告草件，确认信息是否无误

7、确认完毕后出具报告正式件

8、寄送报告原件